دپارتمان پژوهشی مجتمع گام آفتاب با هدف تقویت تفکر نقادانه، روحیه پرسشگری و مهارت‌های علمی دانش‌آموزان راه‌اندازی شده است. در این بخش، دانش‌آموزان علاوه بر آشنایی با اصول پژوهش و روش‌های علمی، در قالب پروژه‌های گروهی و فردی به تحقیق در موضوعات گوناگون می‌پردازند. مربیان پژوهشی، دانش‌آموزان را در مسیر انتخاب موضوع، جمع‌آوری اطلاعات، تحلیل داده‌ها و ارائه نتایج همراهی می‌کنند. این فعالیت‌ها باعث می‌شود مهارت‌های تحقیقاتی، قدرت تحلیل و حل مسئله در دانش‌آموزان تقویت شود. دپارتمان پژوهشی با برگزاری جشنواره‌ها و ارائه دستاوردهای علمی، بستری فراهم می‌آورد تا دانش‌آموزان دستاوردهای خود را با دیگران به اشتراک بگذارند و تجربه‌ای ارزشمند از پژوهش علمی به دست آورند.